想到这里，崇祯皇帝觉得有必要再给鹿善继提个醒，于是借口如今宁远情况扑朔迷离，朝廷无法做出准确判断，暂时由方正化带东厂人马赶往辽东，一方面代表皇帝和朝廷了解情况，一方面配合鹿善继等镇守辽东的大臣，处置宁远兵变事宜。
因为东厂辽东站传递回来的情报，有点太过简略，在座的三位军机大臣也没法据此给出多少有针对性的建议，因此也就确实没法采取真正有力的措施。
而孙承宗等人，也相信鹿善继和满桂能够处理好这次兵变，所以议来议去，最后除了皇帝的提议之外，军机处最后决定立刻派出使者，传令山海镇总兵赵率教守好山海关，凡是北面来的士卒一概拿住，若无蓟辽督师府关防文书，不准放辽东一兵一卒入关。
同时由军机处尽快昭告九边各镇，将于八月足额发放崇祯元年前六月的九边军饷，等等。
次日清晨，军机处派出的兵部使者赶到了山海关，赵率教闻令立马整军经武，加强戒备，同时做好随时北上宁远平乱的准备。
而方正化则带着皇帝的密旨，率领三百名东厂骨干，一路疾驰，出关北上，赶赴宁远。
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