江陵，刘裕下令先行将粮草、辎重运往当阳城，等明日从夏口送来的粮食到达后便起军北上襄阳。
刘穆之从京中寄来的信告诉刘裕，诸葛长民心存叛意，要加以提防。刘裕思虑再三，决定加快北征的步伐，先行夺取襄阳后再来处置诸葛长民。
得知刘裕军令后，宁朔将军臧熹不解地问道：“太尉，为何不先安稳后方再图襄阳，岂不怕舍本逐末。”妻子臧爱亲逝后,刘裕对妻子的两个兄弟甚至厚待，大弟臧焘是通直散骑侍郎、太尉谘议参军；臧熹是宁朔将军。
“诸葛长民不过是疥癣之疾，京中有道和在，京口有道怜，还有怀肃、檀韶相帮，诸葛长民翻不起风浪。”刘裕道：“而杨安玄不同，一旦让他平定大秦，得到秦国举国之财，还有数万战马、铠甲，这些归在其囊中,愚将来以何相抗。”正当刘裕厉兵秣马准备之际，北冀州刺史刘敬宣送来的一封密信让他不得不打消了北征的念头。
刘敬宣在信中寄来了诸葛长民写给他的信，诸葛长民的信写道：刘毅狠戾专恣，自取夷灭。
异端将尽，天下将平，富贵之事，相与共之。刘裕冷汗直冒，诸葛长民的信虽然没把话挑明，但言下之意是想与刘敬宣共享富贵，共同对付自己了。
刘敬宣对信中把自己回复诸葛长民的内容也告诉了刘裕：下官自义熙以来，任三州七郡,常惧福过灾生，思避盈居损，富贵之旨，非所敢当。
刘裕笑道：“万寿不负我。”刘穆之的信接踵而至，禀报诸葛长民在京中控制兵权，派其弟诸葛黎明驻石头城，诸葛幼民驻新亭，族弟宁朔将军诸葛秀之兼领左卫将军，诸葛叔度转任豫州司马……刘裕仰天叹道：“看来老天在帮杨安玄，不让愚出兵北征。”将四万兵马分成四部，檀道济、臧熹、沈林子、檀只等人率两万兵马驻荆州；虞丘进、刘钟率五千兵马驻夏口；荐王仲德为江州刺史，与宁逆将军刘遵考率五千兵马守江州浔阳，自己带了沈田子领着剩下的一万兵马回归建康。
诸葛长民得知刘裕返京，惊疑不定，他写信给北冀州刺史刘敬宣，收到的回复让他大失所望，
“非所敢当”，刘敬宣不肯同他一起反抗刘裕。孤掌难鸣，想起刘裕的赫赫战功，诸葛长民不敢轻举妄动，吩咐诸葛黎民等人不可异动，期盼刘裕没有察觉到自己的心思，退一万步想，自己并未真正举兵反叛，刘裕顾及声名，总不好对自己下死手吧。
即使是免官为民，这些年捞取的财物也足以让族人富贵数辈，就做个安闲的富家翁好了。
算好刘裕归期，诸葛长民每日不辞辛劳带了京中文武前往新亭迎接，可是一连三天只看到运送辎重的船只到来，询问船上兵丁，称刘太尉尚在江州布防。
三月十六日晚，刘裕乘快艇入查浦口入西州城。诸葛长民闻讯大惊，忙连夜前往太尉府求见。
刘裕命丁旿暗伏在帐后，亲到大堂相迎，两人携手入内。刘裕屏退众人，与诸葛长民饮酒说笑，谈及当年往事，两人笑声不断。
就在诸葛长民放松警惕，饮酒半酣之季，丁旿自帐后潜出，用胳膊勒住诸葛长民的脖项，将其拉杀。
刘裕下令，将诸葛长民的尸体送往廷尉定罪，紧接着派丁旿、沈田子等人率军抓拿诸葛黎民等党羽。
诸葛黎民闻讯，力战身死；诸葛幼民逃往山中，数日后被人告发斩杀，堂弟诸葛秀之一同被斩；诸葛叔度原是太尉府参军，得刘裕信任，远在历阳没有参加诸葛长民叛逆之事，刘裕未追究其责，将诸葛叔度调往北冀州。
建康城中刘裕忙着安抚民心、整顿朝堂，长安城外也到了紧要的关头。
姚泓命蓝田守军回援长安，姚赞奉命率两万兵马撤回长安城。蓝田城守军不足万人，辅国将军尹宏不得不撤守城池，放弃营寨。
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