责审理此案的廷尉对这个人比较反感，在结案报告中说他与单固的对质中言辞错乱，很多事情没说清，建议一并问斩，司马懿同意。
楚王曹彪也未逃过一劫，司马懿以少帝的名义下玺书予以谴责，曹彪为保妃嫔及儿子们一命，只得自杀，妃嫔和儿子们降为庶人，流放平原郡，朝廷派来监视曹彪的官员都因犯了知情却不及时劝阻或报告的罪过处死。为防止有人再用分封在各地的曹氏王公做文章，司马懿让少帝下诏，把各位王公集中在邺县居住，命有关部门严加监管，不得与外人随便联系。
司马懿的手段的确很残酷，说得好听一些，这叫作“敢爱敢恨”，对于他欣赏的人、看中的人，同时又认同他、支持他的，一律给予爱护、提拔和重用，对于反对他的人，则向来毫不手软。
嘉平三年（251）6月，司马懿率大军返回洛阳。
走到一个叫五池的地方，遇到侍中韦诞一行，他们是奉少帝之命前来劳军的。又往前走，走到一个叫甘城的地方，又遇到太仆卿瘐寲一行，除了劳军，还带来了少帝的诏书，拜司马懿为相国，晋爵安平郡公，食邑增加到5万户，全族19名子弟都封为侯爵。
司马懿仍不同意，上奏回绝。
平了这场叛乱，司马懿也病倒了，而且病得不轻。有史书说，司马懿病重期间梦见王凌、贾逵等人扮作厉鬼来索命，让他的心情很烦乱，加重了病情。7月，司马懿回到洛阳，病情进一步加重，司马懿知道这一次是大限将至了，于是向儿子们立下遗嘱，交代说自己死后葬于洛阳东北方向的首阳山，不坟不树，陪葬就用一些平时穿的衣服就行，不设明器，日后也不与其他人合葬，子孙不得祭陵。
嘉平三年（251）8月5日，司马懿在洛阳病逝，享年73岁。少帝下诏授其谥号文贞，追封相国、郡公。他的孙子司马炎后来当了晋朝的皇帝，加他的尊号为宣皇帝，称其陵墓为高原，庙号晋高祖。
司马懿的一生可谓波澜起伏，20多岁来到曹操手下做事，43岁时被封侯爵，担任尚书仆射。他最辉煌的时期是在47岁到60岁之间，他两次被托孤，平孟达、抗诸葛亮、伐公孙渊、拒孙权，建立了不世功勋，获得了巨大的个人威望。
司马懿由魏臣而走向“篡魏”，更多的原因也许是为自保，其中的是非曲直只能继续留给历史去评价了，但他开创了一个新时代，即使离开了人世，这也是一个无法改变的事实了。
司马懿死后少帝下诏擢升司马师为抚军大将军，主持朝廷日常事务（录尚书事），并擢升司马懿的三弟、朝廷尚书令司马孚为太尉，同时继续兼任尚书令一职，司马昭此时的职务是安东将军，主持淮北一带的军务（都督淮北诸军事），司马氏的权力基础巩固，没有因为司马懿的死而削弱。
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