安部队设两个司令部，分别为广东保安司令部和福建保安司令部；游击队则单设一个司令部，这三个司令部各有自己的一套领导体系，只向欧阳云一个人负责。
学兵军扩编以后，人事方面有了重大调整。欧阳云作为闽粤军政一把手，除了担任闽粤特区主任，军事上还担任学兵军总司令，兼任陆军司令。副总司令则由李铁书还有李汉魂担任，总参谋长由蒋光鼐担任，吉星担任总政治主任。其中，李铁书又再兼任两职，包括陆军副司令，学一军军长；蒋光鼐则兼任福建绥靖主任和保安司令、学四军军长；李汉魂兼任海军司令和学二军军长；吉星兼任陆军参谋长、政治主任。广东保安司令由郭彪担任，他同时兼任狼牙特战旅的旅长；游击司令是楚天歌，作为学兵军元老，他同样兼有要职，为预备役总教官。
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